世界救世教の教えをベースにして分派独立したのが発祥であるが、開祖・岡田光玉師の逝去後、さまざまな教団に分派分裂する。代表的な教団としては岡田光玉師の養女・岡田恵珠氏の「崇教真光」（岐阜県高山市）、岡田光玉師と懇意にしていた漫画家・黒田みのる氏による「ス光光波世界神団」（東京都八王子市）、依田君美氏による「神幽現救世真光文明教団」（山梨県甲府市）等々がある。

黒田みのる氏については私と同世代（昭和４０年代生まれ）の人なら知っている人もいるかもしれないが、つのだじろう氏とともに心霊漫画家の草分けといわれた人物である。小学生の頃に読んだ「死霊復活」「霊障人間」などの単行本には「真光の業」「火の洗礼」などについて語られており、今思えば真光の教義を色濃く反映した漫画であった。黒田氏は世界文明真光教団の布教漫画を描いていたという話もあるので、これがそれだったのかもしれない。
しかし当時そんな知識のない私は、この漫画を読んだあと、劇画タッチのリアルでグロテスクな（かつＨな）描画もあいまって、恐ろしくなり夜も眠れなくなった思い出がある。世界が終わるとか人類が滅ぶとかの話をリアルに語る黒田みのる氏の漫画は、単なる心霊漫画であったつのだじろう氏の「恐怖新聞」「うしろの百太郎」に比べ、数倍怖かった。

岡田光玉師は1974（昭和49）年に逝去したが、後継者を公言せずに亡くなってしまったため、二代教え主をめぐって内紛問題が勃発した。光玉師の養女であった岡田恵珠（本名・岡田甲子）氏と、光玉師の側近で実業家の関口榮氏（1909-1994）が同時に二代教え主を名乗り、裁判問題に発展した。関口榮氏は教団に多額の資金提供を行っており、教団が発表した正式な二代教え主であったが、一方の岡田恵珠氏は登記を済ませ教団の代表役員になってしまう（宗教法人の代表役員は株式会社でいうところの代表取締役であり、通常は教団の指導者＝教祖が就任する）。関口氏は代表役員の座を求め岡田恵珠氏を告訴する（俗に言う真光裁判）。1977（昭和52）年、最高裁判決により関口氏が勝訴、結果を受けた岡田恵珠氏は翌1978（昭和53）年に新教団「崇教真光」を設立し、教団は二分裂することになった。

1984（昭和59）年、教団は静岡県中伊豆に６０万坪の広大な敷地を購入、「主座世界総本山」本殿を建設し田園調布より移転した。関口榮氏は平成６年に逝去、現在は長男の関口勝利氏（1939-）が三代教え主。関口勝利氏は実業家でもあった父・榮氏より資産を受け継ぎ、学校法人富士陽光学園理事長、財団法人陽光美術館理事長、三ツ矢グループ数社の社長を務めている。